История аэропорта берет свое начало с 1933 года[2], когда был построен аэропорт. На территории его находилось поле для взлета и посадки самолетов, саманный вокзал — с небольшим залом, домик для пилотов из двух комнат, подвальное бензохранилище, а также саманная маслогрейка (для подогрева масла и воды).

Август 1933 г. — создание Аэропорта Актюбинск;
Февраль 1935 г. — организация Северо-Казахстанского управления Гражданской авиации с центром в Актюбинске;
1947 г. — оснащение Аэропорта средствами навигации и посадки ВС (Воздушных Судов);
1967 г. — введение в эксплуатацию ИВПП (Искусственной Взлетно-Посадочной Полосы);
1974 г. — введен в эксплуатацию склад ГСМ (Горюче-Смазочных Материалов);
1975 г. — введено в эксплуатацию здание Аэровокзала;
1984 г. — введено в эксплуатацию здание авиационно-технической базы;
Декабрь 1993 г. — реорганизация Актюбинского авиапредприятия в АООТ «Актюбинское авиапредприятие» и Актюбинский филиал РГП «Казаэронавигация»;
16 августа 1996 г. — выделение из состава Национальной авиакомпании «Қазақстан Әуе Жолы» ОАО «Международный Аэропорт Актобе» на основании Постановления Государственного комитета Республики Казахстан по управлению государственным имуществом № 521 от 30 июля 1996 г. «О проведении срочных мер по выделению из Актюбинского авиапредприятия аэропорта» и Постановления Комитета по управлению государственным имуществом № 206 от 09.08.1996 г.
12 января 1999 г., в соответствии с Законом РК от 10 июля 1998 г. № 281 «Об акционерных обществах», проведена перерегистрация ОАО «Международный Аэропорт Актобе»;
17 сентября 2004 г. — в АО «Международный Аэропорт Актобе».
28 апреля 2021 года Постановлением Правительства Республики Казахстан №276 АО «Международный Аэропорт Актобе» присвоено имя Алии Молдагуловой.
В 2004 году была проведена реконструкция аэропорта: капитально отремонтирована ВПП, проводится перепланировка аэровокзала.